Depois de muito procurar substituto do Cryptainer que funcione simultaneamente em Linux/Ubuntu e Windows, acabei por encontrar o TrueCrypt (que para além de Linux e Windows, também funciona em Mac). Para instalar, basta fazer o download da versão apropriada para o ambiente em que se vai instalar - para o Asus 1201N com o Ubuntu 64 bits escolhi a versão "Standard - 64-bit (x64)", e executar esse ficheiro (após o gunzip e o tar -xf). O Truecrypt fica acessível em Applications > Accessories e o seu modo/filosofia de funcionamento é muito similar ao Cryptainer.
Excelente programa.
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