Depois de alguma procura, parece-me que o GnuCash é a melhor escolha - agora só espero que os ficheiros de transacções gerados no Windows possam ser alterados no Linux sem qualquer corrupção dos dados.
A instalação do GnuCash é fácil - basta seguir os passos descritos a seguir.
Passo 1: Arrancar o System > Administration > Synaptic Package Manager. No "Quick search" procurar por "gnucash". Vão aparecer vários packages, alguns já instalados (quadrado verde na coluna "S"), e outros que se deverão seleccionar (na coluna "S" seleccionar "Mark for installation"). Basta seleccionar "gnucash" que os restantes packages necessários são adicionados automaticamente.
Passo 2: Arrancar o GnuCash em Applications > Office > GnuCash Finance Management
E agora é só descobrir como se utiliza :-) .